集菌儀和微生物檢驗儀（通常指微生物限度檢測儀）的主要區別如下：
用途：集菌儀主要用于無菌產品的無菌檢測，如注射用無菌制劑、抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌注射用水等。而微生物限度檢測儀用于非無菌產品的微生物限度檢測，如純化水、初始污染菌等。
操作方式：集菌儀通過定向蠕動加壓作用，供試品被過濾并在濾器內進行培養，可直接灌注培養基到濾膜背面，然后直接培養。微生物限度檢測儀則采用負壓抽濾，將供試品中微生物截留在濾膜上，用取膜器取出濾膜，轉移至配置好的固體培養基上，菌面朝上，平貼，蓋上蓋子形成封閉的培養盒，置于相應的恒溫培養箱內培養并計數。
價格：集菌儀相對微生物限度檢測儀更貴，微生物限度檢測儀比較便宜。
結構和設計：集菌儀是集菌培養器的配套使用儀器，通常采用全封閉式設計，避免在微生物檢測過程中受到外界環境的污染。微生物限度檢測儀一般采用不銹鋼金屬材料制成，配有內置或外置隔膜液泵，可整體滅菌和單獨滅菌，單獨配備的泵也滿足了收集有價值的廢液等要求。
綜上所述，集菌儀和微生物限度檢測儀在用途、操作方式、價格和結構設計上存在明顯差異，用戶應根據實際檢測需求選擇合適的儀器